Ce site présente une grande diversité de milieux remarquables et ordinaires, abritant des espèces rares.
Tourbières
Localisés principalement au centre du Morvan, les tourbières sont des zones humides très particulières et toujours gorgées d’eau. Ces conditions ont permis l’accumulation de tourbe pendant des milliers d’années Véritable royaume des sphaignes, les tourbières constituent le milieu de vie d’une faune et d’une flore originales, très fragiles, tels que le Lézard vivipare ou les Droseras (plantes carnivores). La tourbe, composée de matière organique, est aussi un formidable stock de carbone. En 2015, la Réserve Naturelle Régionale des Tourbières du Morvan a vu le jour. Les entités de la Réserve sont, pour la majorité, situées en site Natura 2000.
Forêts
Les forêts de feuillus, des hêtraies-chênaies en majorité, occupent environ 30 % des sites Natura 2000 du Morvan. On trouve également des forêts remarquables comme des forêts alluviales en bord de ruisseaux, des forêts tourbeuses dans les cuvettes aux sols gorgés d’eau, des forêts de ravins dans les fortes pentes et éboulis, ou des hêtraies montagnardes recouvrent les sommets du Morvan au-delà de 600 mètres d’altitude.Parmi les espèces qui vivent dans ces forêts, on peut citer le Lucane cerf-volant, le Pic noir, la Barbastelle ou le chat forestier.
Rivière
Nombreux et caractériels, les ruisseaux et rivières ont valu au Morvan la réputation d’être le château d’eau de la Bourgogne. Avec des eaux d’une très bonne qualité, ils accueillent une faune très rare comme des écrevisses autochtones et des moules perlières.
Bocage
Véritable mosaïque de milieux, composée de pâtures, de prairies de fauche, de champs, de haies et de mares, le bocage s’étend sur les franges du Morvan. Cet écosystème agricole sert de gîte et de couvert pour de nombreux insectes, oiseaux, chauves-souris et amphibiens.
Falaises et pelouses
Dans le nord du Morvan, les pelouses et les falaises inaccessibles surplombent les vallées de la Cure et du Cousin. Inaccessibles ? Pas pour tout le monde ! Certains rapaces, comme le Faucon pèlerin, nichent au milieu des quelques plantes très spécialisées qui se sont implantées dans les anfractuosités de la roche.
Chauves-souris
A divers endroits du Morvan à la période estivale, des caves, greniers et clochers d’églises sont utilisées par des colonies de chauves-souris. Elles chassent la nuit profitant du réseau de haies bocagères, des cours d’eau et des lisières forestières. En journée, elles se cachent près des hommes pour dormir et s’occuper de leurs petits. En hiver, lorsque la nourriture manque, les colonies se groupent dans des caves ou grottes, où la température varie peu. Elles restent ainsi en hibernation jusqu’au retour des beaux jours.