Les outils Natura 2000 pour agir en faveur de la biodiversité sont définis selon le type de milieux (agricole, forestier), selon l'usage du milieu (agricole) ou selon les objectifs.
Plusieurs outils spécifiques existent dans le dispositif Natura 2000 pour mettre en oeuvre la conservation des habitats et espèces de la directive Habitats :
- les Contrats Natura 2000, de deux types :
- les contrats Natura 2000 "ni-ni", qui sont spécifiques aux terrains ni agricoles, ni forestiers. Ceux-ci peuvent être par exemple une zone de type prairie ou des coteaux calcaires appartenant à une commune.
- les contrats forestiers Natura 2000, qui sont spécifiques aux zones forestières uniquement.
Débardage à cheval - Vallée de la Canche - Contrat forêt ©PnrM