La directive Habitat (92/43CEE) fixe la liste des espèces et habitats auxquels doit s'appliquer une réglementation spécifique.
Ainsi, l'annexe II liste les espèces animales et végétales considérés d'intérêt communautaire, c'est-à-dire dont la conservation nécessite la désignation de Zones Spéciales de Conservation, autrement dit un site Natura 2000.
Voici une description succinte des espèces végétales inscritent dans l'annexe II et présentes dans le Morvan, qui ont pu nécessiter l'intégration de certains sites morvandiaux au réseau européen :
