Le Parc du Morvan englobe 13 sites Natura 2000, soit 14,5% de son territoire.
56 communes sont concernées sur les 120 qui composent le Parc.
Le Parc du Morvan est opérateur de 11 d'entre eux. Les 2 sites non inclus sont, pour le premier, le site "GITES ET HABITATS A CHAUVE SOURIS DE BOURGOGNE", dont le territoire est éclaté sur l'ensemble de la région, l'opérateur étant la DREAL.
Le second est le site "PELOUSES ET FORETS CALCICOLES DES COTEAUX DE LA CURE ET DE L'YONNE EN AMONT DE VINCELLES" (n°19) dont la majeur partie du territoire se trouve sur la communauté de commune de Cure-Yonne, qui en est l'opérateur.
Le premier DOCOB a été validé en 2000 (site 40 : Haute vallée de la Cure). Depuis, 11 DOCOB ont été finalisés et sont en cours d'animation.
