Pour animer ses 2 sites Natura 2000, le Parc du Morvan a mis a disposition 5 agents au service du territoire. Leur rôle est de faire connaître les sites et leurs spécificités, d'accompagner les porteurs de projet dans les démarches liées aux sites, notamment en aidant au montage des contrats Natura 2000 qui permettent d’accorder une aide financière aux propriétaires ou ayants droit, en mettant en place certaines mesures en faveur de la biodiversité.
