La charte Natura 2000 est un document constitué d’un ensemble d’engagements et de recommandations des pratiques favorables à la préservation des habitats et espèces d’intérêt communautaire, définis par le DOCOB. Elle repose sur une démarche volontaire, complémentaire aux contrats et répondant avant tout à une reconnaissance des bonnes pratiques, soit localement en vigueur, soit souhaitée sur le site.
La mise en œuvre de ces pratiques n’est pas rémunérée (hors exonération fiscale). En effet, cette démarche ne doit pas nécessiter un lourd investissement personnel et financier puisqu’il relève davantage d’une poursuite des pratiques ou de certaines actions à éviter.
Un des buts premiers de la charte est de valoriser les usages respectueux des milieux naturels et des espèces d’intérêt communautaire. Sa signature est une marque d’adhésion aux objectifs de conservation ou de rétablissement des habitats naturels et des espèces définis dans le DOCOB, mais aussi la preuve d’une démarche de gestion de qualité menée par le signataire qui lui permet de faire reconnaître ces bonnes pratiques à travers son engagement.
Outre les activités de gestion courante du site, notamment les pratiques agricoles et sylvicoles, toutes les activités pratiquées sur un site Natura 2000 (comme les activités de loisir) peuvent être concernées par la charte.
La charte ne se substituant pas à la loi, le signataire doit, bien sûr, respecter la réglementation en vigueur sur le site.
L'adhésion à cette charte permettra au propriétaire foncier de bénéficier d'une exonération de la Taxe foncière sur le non-bâti (TFNB) sur les parcelles engagées. Cette perte de revenus pour les communes est compensée de façon dégressive par l'Etat.
Dans le Morvan, aucune charte n'a encore été signée.