L’Union Européenne a laissé aux Etats membres le choix de la démarche à adopter pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre des deux directives, « Oiseaux » et « Habitats ».
Pour la gestion de ses sites Natura 2000, la France a opté pour la voie de la concertation et de la contractualisation.
Le comité de Pilotage et le Document d'Objectifs :
Un comité de pilotage (CoPil) est constitué pour chaque site. Le comité, présidé par un élu local regroupe l’ensemble des acteurs concernés par le site Natura 2000 : élus des collectivités locales (communes, intercommunalités, département, région), représentants des organismes agissant sur le site (Agence de l’Eau, Chambres d’Agriculture, associations, propriétaires, forestiers, fédérations de chasse, de pêche, experts…), représentants des services de l’État (DREAL, DDT).
Il établit le document d’objectifs (DocOb) du site et suit sa mise en œuvre, après l’approbation par le préfet. Ce document, après avoir identifié les enjeux de conservation du site, fixe les objectifs et définit les mesures qui peuvent contribuer à la préservation des espèces et habitats ayant justifié la création du site, en prenant en compte l’ensemble des aspirations des parties prenantes, qu’elles soient écologiques, économiques, culturelles ou sociales.
Le comité de pilotage choisit une structure porteuse (collectivité territoriale ou groupement de collectivités) qui est chargée de la réalisation du document d’objectifs et du suivi de sa mise en œuvre. Celle-ci passe par une participation active des acteurs locaux à travers différents outils contractuels de gestion :
- les contrats Natura 2000 ;
- les mesures agro-environnementales ;
- la charte Natura 2000.