L’Union Européenne a laissé aux Etats membres le choix de la démarche à adopter pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre des directives européennes. Pour la gestion de ses sites Natura 2000, la France a opté pour la voie de la concertation et de la contractualisation.
Le Comité de Pilotage (CoPil) est l’outil de concertation qui réunit tous les acteurs concernés par un site Natura 2000. Celui-ci regroupe les représentants des collectivités territoriales, services de l’Etat, représentants des associations, propriétaires, agriculteurs, usagers, scientifiques, etc. Sa composition est fixée par un arrêté préfectoral (Arrêté du Sud Morvan / Arrêté du Nord et Centre Morvan). Il élabore et valide le document de gestion du site, en assure le suivi de la mise en œuvre et son évaluation. Les membres élisent un président de CoPil et choisissent une structure chargée de l’animation du site et de la mise en œuvre le DOCOB.
Actuellement, le site Natura 2000 "Milieux humides, forêts, pelouses et habitats à chauve-souris du Morvan" est présidé par M. Patrick George, élu local sur la commune de Pierre-Perthuis et le site Natura 2000 "Bocage, forêts et milieux humides du Sud Morvan" est présidé par M. Olivier Faure élu local sur la commune de Luzy.
Sur ces deux sites, c'est le Parc naturel régional du Morvan qui est la structure animatrice.
Les réunions du CoPil sont l’occasion de faire le bilan des actions menées dans les sites l’année passée, de programmer des actions dans l’année à venir, de prendre des décisions et de répondre aux interrogations de chacun.
Dans chaque site Natura 2000, le Document d’Objectifs (DOCOB) décrit le site (patrimoine naturel, contexte socio-économique) et ses enjeux de conservation, définit les objectifs de gestion, donne des propositions de mesures et d’actions permettant d’atteindre ces objectifs dans une perspective de sauvegarde de la biodiversité ayant justifié la création du site en maintenant le développement des activités humaines.
Le Formulaire Standard de Données (FSD) constitue la "fiche d'identité" d'un site Natura 2000, présentant les caractéristiques du site, ainsi que la liste des espèces végétales et animales du site pour lesquelles le périmètre a été choisi, et qu'il est nécessaire de sauvegarder en priorité.
L’animateur Natura 2000 est l’interlocuteur privilégié des élus et des acteurs locaux du site.
Il est en charge de la mise en œuvre des actions préconisées dans le DOCOB :
- Sensibiliser / communiquer : faire connaître et comprendre aux différents publics les enjeux écologiques des sites Natura 2000, les orientations et les mesures présentes dans le DOCOB.
- Mise en œuvre des mesures de gestion : identifier et monter des actions préconisées par le DOCOB, via des contrats, des MAEC ou la charte Natura 2000.
- Études et suivis d'espèces : évaluer et estimer l'évolution des populations d’espèces animales et végétales présentes sur les sites afin de les intégrer dans les mesures de gestion.
- Veille environnementale : s'assurer de la mise en conformité des documents de planification ou d'aménagement avec les objectifs Natura 2000.
- Animation générale des sites : gestion administrative et financière, organisation de COPILs, rédaction de rapports et de comptes rendus.