Le site Natura 2000 « Milieux humides, forêts, pelouses et habitats à chauves-souris du Morvan » (FR2600987) d’une superficie de 13 000 ha est découpé en 22 entités réparties sur le Morvan et ses abords, s’étendant sur les départements de la Côte d’Or, de la Nièvre, de la Saône-et-Loire et de l’Yonne et incluant 59 communes.
Il est issu de la fusion en 2018 de 9 anciens sites Natura 2000 avec 7 nouvelles entités désignées au titre de la conservation des chauves-souris :
6/ Massif forestier du mont Beuvray (FR2600961)
27/ Forêts, landes et tourbières de la Vallée de la Canche (FR2600982)
28/ Vallées de la Cure et du Cousin dans le nord Morvan (FR2600983)
32/ Ruisseaux à écrevisses du bassin de l’Yonne amont (FR2600987)
33/ Hêtraie montagnarde et tourbières du haut-Morvan ( FR2600988)
34/ Tourbière du Vernay et prairies de la vallée du Vignan (FR2600989)
37/ Ruisseaux patrimoniaux et milieux tourbeux et paratourbeux de la haute vallée du Cousin (FR2600992)
40/ Prairies marécageuses et paratourbeuses de la vallée de la cure (FR2600995)
44/ Forêt et ravin de la vallée de l'Oussière en Morvan (FR2600999)
48/ Gîtes et habitats à chauves-souris de Bourgogne (7 entités autrefois animées régionalement)
