Depuis le 14 novembre 2018, Le Parc naturel régional du Morvan anime 7 entités supplémentaires appartenant à l'ancien site Natura 2000 "Gites et habitats à chauve-souris en Bourgogne" (FR2601012).
Le Parc était jusque là, animateur de 11 sites sur son territoire. La DREAL et le PnrM ont décidé de fusionner ces 11 sites ainsi que les 7 entités à chauve-souris en seulement deux sites nommés "Milieux humides, forêts, pelouses et habitats à chauve-souris du Morvan" (FR2600987) et "Bocages, forêts et milieux humides du Sud-Morvan" (FR2601015).
A présent, le Parc anime environ 64 000 ha de sites Natura 2000 dont 48 330 ha sont situés sur le territoire d'étude de la future charte du Parc (2020-2035).