Comme de nombreux sites du nord Morvan, le patrimoine naturel de ce site est essentiellement lié aux zones humides, notamment par la présence de tourbières, de prairies paratourbeuses (25% de la surface du site), et de forêts riveraines (ripisylves composées essentiellement de Saules, frênes et aulnes). Ces milieux abritent des espèces inféodées aux zones humides, telles que le Damier de la Succise, et le sonneur à ventre jaune.
Certains cours d’eau possèdent la particularité d’abriter les deux populations d’écrevisses autochtones : l’Ecrevisse à pied blanc et l’Ecrevisse à pattes rouges. Leur aire de répartition dans le linéaire de cours d’eau ne se chevauche pas pour autant. Bien entendu, les autres espèces typiques des cours d’eau rapides, comme la Moule perlière, la Lamproie de planer et le Chabot sont présentes. Le maintien de la bonne qualité de l’eau et la connectivité du linéaire sont des facteurs primordiaux pour leur conservation.
Ce site accueille également le Grand murin. Cette espèce de chauve-souris gîte dans des bâtiments à proximité et utilise les prairies et les lisières comme zones de chasses.
D’autres espèces remarquables utilisent les milieux rencontrés, tel le Sympétrum vulgaire, une espèce de libellule et de l’Azuré du serpolet, un papillon. Toutes deux, sont considérées comme des espèces déterminantes pour la région Bourgogne.
En ce qui concerne la Flore, les prairies paratourbeuses renferment de nombreuses plantes peu communes compte tenu de la spécificité du milieu : l’arnica des montagnes, la Canneberge, la Wahlenbergie ou encore la Parnassie des marais.
Au total, ce site compte 27 espèces de la directive Habitat (faune et flore confondues) .