Les Contrats Natura 2000 peuvent être de deux types:
- les contrats Natura 2000 "ni-ni", qui sont spécifiques aux terrains ni agricoles, ni forestiers. Ceux-ci peuvent être par exemple une zone de type prairie ou des coteaux calcaires appartenant à une commune.
- les contrats forestiers Natura 2000, qui sont spécifiques aux zones forestières uniquement.